Sustav upravljanja kvalitetom Ekonomskog fakulteta Sveučilišta u Mostaru temelji se na uvažavanju zahtjeva svih relevantnih propisa iz područja znanosti i visokog obrazovanja; Standarda i smjernica za osiguranje kvalitete u visokom obrazovanju (Standards and Guidelines for Quality Assurance in the European Higher Education Area), te zahtjeva međunarodnog standarda ISO 9001:2008.

Ekonomski fakultet je trajno orijentiran na poboljšanje svih svojih procesa, a posebice nastavnog i znanstveno – istraživačkog što dokazuje posjedovanjem certifikata za sustav upravljanja kvalitetom ISO 9001:2008 koji je dobio 29. svibnja 2012. godine. Ovim certifikatom se dokazuje da je sustav upravljanja kvalitetom Ekonomskog fakulteta usklađen sa zahtjevima međunarodnog standarda ISO 9001:2008. Standard se primjenjuje u svim procesima Ekonomskog fakulteta: znanstveno – istraživačkom, nastavnom, administrativnom i upravljačkom.

Uprava Ekonomskog fakulteta odgovorna je za sustav upravljanja kvalitetom, a sve aktivnosti vezane uz sustav koordinira predstavnik uprave za kvalitetu. Predstavnik uprave za kvalitetu surađuje s odborima Fakultetskog vijeća zaduženima za realizaciju i praćenje ciljeva kvalitete. Odbor za unaprjeđenje i kvalitetu nastave je tijelo koje najviše sudjeluje u aktivnostima vezanim uz osiguranje i upravljanje kvalitetom nastavnog i znanstveno – istraživačkog procesa.

Sustav upravljanja kvalitetom Fakulteta opisan je u slijedećim dokumentima: priručnik kvalitete, politika i ciljevi kvalitete, postupci, procedure i radne upute. Svi dokumenti usklađeni su sa i pozivaju se na zakonske akte i Europske standarde i smjernice za osiguranje kvalitete u visokom obrazovanju. U objavljenoj politici kvalitete dekan Fakulteta jasno je istaknuo važnost trajnog poboljšanja svih procesa i aktivnosti u svrhu i sa ciljem kontinuiranog ispunjavanja zahtjeva svojih korisnika u čemu kvalitetna realizacija usluge ima ključnu ulogu. U definiranim postupcima i procedurama jasno su prepoznate odgovornosti za pojedine aktivnosti, načini mjerenja i analize. Zapisi o mjerenjima i analizama redovito se održavaju.